Um grande recurso existente no linux é oferecido pela ferramenta (comando) rsync com ele você pode sincronizar dois diretórios que tenham o mesmo conteúdo.
Existe também uma ferramenta para isso Chamara Grsync, no ubuntu você pode instalar ela pelo Gerenciador de Pacotes Synaptic ou pelo terminal digitando o seguinte comando:
sudo apt-get install grsync
Outro recurso é sincronizar diretórios remotamente.
Para isso é necessário o servidor de ssh instalado na máquina remota.
rsync -avz /diretorio/de/origem usuario@host:/diretorio/de/destino/
[]
Marcondes.